El 24 de juny de 2016, el Papa Francescja el va nomenar Administrador
Apostòlic del Patriarcat Llatí de Jerusalem. El 10 de setembre
de el mateix any va rebre la consagració episcopal. És membre de la
Congregació per a les Esglésies Orientals. El Papa Francesc va nomenar el 24 d'octubre a l'Arquebisbe italià Pierbattista Pizzaballa com a nou Patriarca Llatí de Jerusalem a Terra Santa.
Mons. Pizzaballa va servir des de 2016 com a Administrador Apostòlic de Jerusalem, quan la seu que serveix a uns 300.000 catòlics a Israel, Palestina, Jordània i Xipre, va quedar vacant. El nou Patriarca de 55 anys d'edat ha viscut a Terra Santa des de 1990 i succeeix en el càrrec a Mons. Fouad Twal, que va liderar el Patriarcat de Jerusalem entre 2008 i 2016. Quan Mons. Pizzaballa va ser nomenat administrador apostòlic, el Patriarcat tenia una deute de més de 100 milions de dòlars.
En una recent entrevista amb EWTN News a Roma, Mons. Pizzaballa va comentar que "han estat quatre anys difícils. Jo tenia una ordre clara: Primer posar ordre en l'administració ", el que va fer pagant el deute amb ajuda de donacions internacionals, baixant costos i venent algunes propietats a Natzaret. El nou Patriarca, que parla italià, hebreu i anglès, va dir a més en l'entrevista que se li va encomanar la tasca de millorar la situació pastoral a Terra Santa, a més d'encoratjar la unitat entre els sacerdots i les diferents comunitats cristianes a Jordània, Israel, Palestina i Xipre. "A el principi va ser molt difícil però una vegada que vam anar transparents crec que la comunitat va recolzar molt i vam poder superar els nostres problemes i finalment donar-li volta a la pàgina".
El Patriarcat Llatí de Jerusalem va rebre la notícia de la seva designació positivament. "Amb sentiments d'alegria i gratitud, la família del 'Patriarcat Llatí de Jerusalem, Amman, Natzaret i Xipre, en particular els bisbes, vicaris patriarcals, sacerdots, seminaristes, diaques i religiosos, consagrats, el poble de Déu en totes les parròquies, així com els treballadors en les institucions diocesanes, feliciten el nou Patriarca desitjant-li a Sa Beatitud l'èxit per complir aquestes responsabilitats excepcionals, especialment en aquestes circumstàncies inusuals ", indica en un comunicat aquest dissabte 24 d'octubre. "Que La seva Beatitud tingui bona salut i la benedicció divina per continuar servint la nostra Església local, mentre promou la pau, la justícia i la reconciliació", afegeix el text.
Mons. Pierbattista Pizzaballa va néixer el 21 d'abril de 1965 a Cologno, província de Bèrgam (Itàlia). Va entrar al Seminari Menor de la Província Franciscana de Crist Rei, a Bologna, al setembre de 1976. El 5 de setembre de 1984 va començar la seva noviciat al convent de la Verna. Va fer la professió temporal a La Verna el 7 de setembre de 1985 i la professió perpètua a Bologna el 14 d'octubre de 1989. Després del seu primer cicle d'estudis filosòfic-teològics, va obtenir la seva llicenciatura en Teologia al Pontifici Ateneu Antonianum de Roma. El 27 de gener de 1990 va ser ordenat diaca i el 15 de setembre de 1990 va ser ordenat sacerdot.
Va arribar a la Custòdia Franciscana de Terra Santa el 7 d'octubre de 1990 i va completar els seus estudis d'especialització en l'Studium Biblicum Franciscanum de Jerusalem el 1993. Més tard va ser professor d'hebreu bíblic en la Facultat Franciscana de Ciències Bíbliques i Arqueològiques de Jerusalem. Va començar el seu servei a la Custòdia de Terra Santa el 2 de juliol de 1999. El 9 de maig de 2001 va ser nomenat Guardià del Convent dels Sants Simeó i Anna a Jerusalem. Compromès amb la cura pastoral dels fidels catòlics d'expressió hebrea, va ser nomenat Vicari Patriarcal a 2005 fins a 2008. El Definitori general de l'Ordre de Germans Menors ho va triar Custodi de Terra Santa i Guardià de la Muntanya Sió al maig de 2004, càrrec que va exercir fins a abril de 2016.